המאפיה נבנתה בקיבוץ מתוך מחשבה שהקיבוץ צריך לספק לעצמו את כל צרכיו ובכלל זה גם לחם, לסוגיו השונים. במאפיה עבדו, בתחילה חברות ואחר כך גם חברים, כאשר הבחורים היו עובדים במקום עבודה נוסף.
ראשיתה של המאפיה היתה בתנור גחלים קטן שהיה ליד חדר האוכל (אז), צריף שעמד במקום המכבסה של היום, בין המחסן לבריכת המים.
בתנור הגחלים היו אופות החברות את הלחם, כאשר את הבצק לשו בעזרת הידיים. וכך נכתב בשנת 1930: "על פי הצעתו של שונר, הוחלט לבנות תנור לאפיית לחם וההוצאה לפועל נמסרה לרובינפלד".
מימין, צריף המאפיה הראשונה (צריף חדר האוכל ובית הביטחון)
במשך השנים התפתחה המאפיה למאפיה ביתית מודרנית, ועברה למבנה חדש, צפונית לחדר האוכל של היום. נבנה תנור מלִבְנֵי שָמוֹט שהוּסק ֹבעזרת סולר/מזוט, נקנתה מכונת לישה כדי ללוש את כמויות הבצק הגדולות, מכונה שהקלה מאוד על החברים במאפיה, בהכנת הבצק.
המאפיה תרמה תרומה בנוסף ללחם שנאפה בה, נאפו בה פשטידות לחדר האוכל וחברות הקיבוץ היו אופות בתנור שנשאר חם, עוגות ותבשילים לבית. התנור שימש גם כפלטת שבת לאנשים שומרי מסורת בקיבוץ.
בשנים המפוארות של המאפיה, נאפו בה בימי חול:
140 כיכרות לחם שחור, 30 ככרות לחם לבן
בימי שישי: 100 כיכרות חלת שבת ו-40 עוגות שמרים.
בבצק שנשאר היו אופים פיתות לבתי הילדים.
במאפיה עבדו: צילה שטייניג, רבקה רבהון, לאה לנדוי ואריה דנקוורט,
אולם, האיש המזוהה ביותר עם מאפיית קבוצת שילר היה ישראל פרשטנדיג, שהגיע לקבוצה ב-1947 ועבד במאפייה עד שנסגרה.
ישראל למד את מקצוע האפייה עוד בחול ועם הניסיון שצבר שם הגיע אלינו ואפה עבורנו במשך שנים לחם נהדר ועוגות, שגרמו לנו ללקק את האצבעות.
חוויה מיוחדת היתה לנו מדי שבת - עוגות השמרים (היום אין כאלה) שידע ישראל לאפות ושהיו מסמר ארוחות הבוקר של שבת - בחדר האוכל.
עוד להיט של המאפיה היו פיתות עבות עם בצל ופרג עליהן, וכל מי שהיה אז, הריח והטעם עדיין בנחיריו ובחיכו.
הביקוש לאותן פיתות ועוגות שמרים תמיד עלה על מה שהספיקו לאפות.
המאפיה נסגרה סופית באמצע שנות ה-60, כאשר התברר שמבחינה כלכלית, אין עוד הצדקה להמשיך ולאפות במשק, כמו כן רצונם של החברים, שהעדיפו שהלחם הטרי יגיע לחדר האוכל בערב ולא בבוקר.
בשנת 1967 פורק המבנה.
על חורבות המאפיה נבנו קומת המחסן והקרקע של האקונומיה.
הספד למאפייה - מרים דנקוורט 1967
