בעשורים הראשונים כל הביוב בשילר היה מושתת על בורות ספיגה:
בור גדול היה ליד המקלחת הציבורית ובור גדול נוסף נחפר מזרחית לחשמליה, (בור זה שכוסה במשך השנים התמוטט בבוקר חורפי אחד ולתוכו צנח יהושע קסורלה עם עגלת הזבל של המועצה האזורית.)
עם בנית דירות מגורים לותיקים ולמשפחות התחילו מובילים את המים לספטינג - במים השתמשו להשקית מטע הגויאבות.
בשנות השישים נחפרו בריכות הביוב: בריכת איגום גדולה ושתי בריכות שיקוע קטנות, הותקנה משאבה ובמים שנאספו השקו את האספסת של יעקב צוקרברג.
הבריכות נחפרו בקצה שטח פרדס 40 והיו רחוקות ממבני המשק. במשך שנים לא היו הבריכות מגודרות כלל, בשנות התשעים עם התגברות המודעות לבטיחות גודרו הבריכות בגדר רשת גבוהה.
בריכות הביוב היו פעילות עד שנת 2014 ובהן שכשכו להם להנאתם צבי מים וקרפדות.
כיום מוזרמים עודפי המים לביוב של רחובות.
